La bonifica profonda viene eseguita oltre il metro di profondità. Il terreno viene suddiviso, poi con apposite trivelle munite di sonda dell’apparato rilevatore, si eseguono dei fori nel terreno.
Questa viene eseguita fino ad una profondità variabile che va solitamente da Mt. -2,00 a mt. -8,00 dal piano di campagna originario. Detta quota viene originata dalla profondità degli scavi necessari per la realizzazione delle opere. La bonifica in profondità, previa bonifica superficiale, viene effettuata suddividendo le aree d’interesse in quadrati aventi il lato pari a cm. 280, al centro dei quali, tramite trivellazioni non a percussione, vengono praticati dei fori capaci di contenere la sonda dell’apparato rilevatore.